Thermo Orbitrap Fusion Series - Page 8

Contents
viii Orbitrap Fusion Series Hardware Manual Thermo Scientific
Vacuum Gauges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
Vacuum Pumps. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
Atmospheric Pressure Ionization Source . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
API Source Interface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
Chapter 4 Ion Transmission and Mass Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .27
Workflow for Mass Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
Ion Optics. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
MP00 Ion Optics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
MP0 Ion Optics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
MP1 Ion Optics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
Curved Linear Trap. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
Ion-Routing Multipole . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
MP3 Ion Optics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
DC Offset Voltages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
Mass Analyzers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
Quadrupole Mass Analyzer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
Orbitrap Mass Analyzer. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
Linear Ion Trap Mass Analyzer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
Ion Detection Systems. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
Chapter 5 Syringe Pump and Divert/Inject Valve . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .45
Syringe Pump . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
Divert/Inject Valve . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
Configurations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
Controlling the Divert/Inject Valve. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
Chapter 6 System Shutdown, Startup, and Reset . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .49
Shutting Down the System in an Emergency. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
Placing the Mass Spectrometer in Standby Mode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
Turning On the Mass Spectrometer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
Shutting Down the Mass Spectrometer Completely . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
Starting the System after a Complete Shutdown . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
Starting the LC System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
Starting the Data System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
Starting the Mass Spectrometer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
Starting the Autosampler. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
Resetting the Mass Spectrometer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
Resetting Calibration Parameters. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
Restarting the Data System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
On/Off Status for MS Components Under Varying Power Conditions. . . . . . . 58