User’s Guide6
Chapter 4: Maintenance 47
Maintenance overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
Cleaning the fluidics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
Shutting down the cytometer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
Flushing the system . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
Replacing the waste container cap . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
Changing the sheath filter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
Changing the Bal seal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
Changing the sample tube O-ring . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
Cleaning or replacing the sheath gasket . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
Chapter 5: Optimizing cytometer settings 63
Cytometer settings workflow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
Verifying the configuration and user preferences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66
Running a performance check . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
Setting up an experiment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
Creating application settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
Recording compensation controls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
Calculating compensation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
Chapter 6: Recording and analyzing data 87
Data recording and analysis workflow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88
Preparing the workspace . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
Recording data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90
Analyzing data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
Reusing an analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
Chapter 7: Troubleshooting 101
Cytometer troubleshooting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102
Electronics troubleshooting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110