abi 7500 - Analyze the Comparative CT Experiment

Chapter 9
155
Applied Biosystems 7500/7500 Fast Real-Time PCR System Getting Started Guide for Relative Standard Curve
and Comparative C
T
Experiments
Notes
Analyze the Comparative C
T
Experiment
This chapter covers:
■ Chapter Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156
Section 9.1 Review Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157
■ Analyze the Experiment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 158
■ View the Gene Expression Plot and Well Table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 162
■ View the Amplification Plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 166
■ Publish the Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 174
Section 9.2 Troubleshoot (If Needed) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175
■ View the Analysis Settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 176
■ View the QC Summary. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179
■ Omit Wells from the Analysis. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 181
■ View the Multicomponent Plot. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 182
■ View the Raw Data Plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185
Section 9.3 Perform a Study of Multiple Experiments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187
■ Section Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188
■ Design a Study . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189
■ Analyze the Study . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 195
■ Publish the Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 202
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