Contents
viii TSQ Quantum XLS Series User Guide Thermo Scientific
Mass Spectrometer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
Controls and Indicators. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
EI/CI Ion Source. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
Inlet Valve. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
Ion Optics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
Mass Analyzer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
Ion Detection System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
Vacuum System and Inlet Gasses Hardware . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
Electronic Assemblies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
Data System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
Computer Hardware . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
Data System/Mass Spectrometer/GC Interface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
Data System/Local Area Network Interface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
Chapter 3 System Shutdown, Startup, and Reset . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .49
Shutting Down the System in an Emergency. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
Placing the System in Standby Mode. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
Shutting Down the System Completely. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
Starting Up the System after a Complete Shutdown . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
Restoring Power to the TSQ Quantum XLS Series System . . . . . . . . . . . . . . 54
Starting Up the GC. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
Starting Up the Data System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
Starting Up the Mass Spectrometer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
Starting Up the Autosampler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
Setting Up Conditions for Operation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
Resetting the Mass Spectrometer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
Resetting the Data System. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
Turning Off Selected Mass Spectrometer Components . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
Chapter 4 Tuning and Calibrating. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .61
Displaying the FC-43 Mass Spectrum . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
Running Auto Tune and Calibration. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
Saving the Tune and Calibration Report . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
Running Maintenance Tune . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70
Creating a Quality Control (QC) Tune Report. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
Chapter 5 Changing Ionization Modes. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .73
Removing the Ion Volume . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
Installing the Ion Volume . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
Chapter 6 Maintenance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .83
Cleaning Ion Source Components. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
Cleaning Ion Volumes. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
Cleaning the Lenses of the Ion Source . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
Replacing the Filament of the Ion Source . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93