Contents
xiv TSQ Series Hardware Manual Thermo Scientific
Mass Spectrometer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
Controls and Indicators. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
API Source . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
Ion Source Interface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
Ion Optics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
Mass Analyzer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
Ion Detection System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
Vacuum System and Inlet Gases Hardware . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
Electronic Assemblies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
Data System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
Computer Hardware . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
Data System / Mass Spectrometer / LC Communication, Contact
Closure, and Line Power Connections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
Data System / Local Area Network Interface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
Printer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
Chapter 3 System Shutdown, Startup, and Reset . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .49
Shutting Down the System in an Emergency. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
Placing the System in Standby Condition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
Shutting Down the System Completely. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
Starting Up the System after a Complete Shutdown . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
Starting Up the LC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
Starting Up the Data System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
Starting Up the Mass Spectrometer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
Starting Up the Autosampler. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
Setting Up Conditions for Operation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
Resetting the Mass Spectrometer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
Resetting the Data System. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
Resetting the Data System by Using the Windows Shutdown and
Restart Procedure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
Resetting the Data System by Turning the Personal Computer Off
Then On . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
Turning Off Selected Mass Spectrometer Components . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
Chapter 4 Daily Operation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .63
Things to Do Before Operating the TSQ System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
Checking the Argon and Nitrogen Supplies. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
Checking the ESI Fused-Silica Sample Tube for Elongation . . . . . . . . . . . . . 64
Checking the System Vacuum Levels. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
Things to Do After Operating the TSQ System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66
Flushing the Sample Transfer Line, Sample Tube, and API Probe. . . . . . . . . 66
Placing the System in Standby Condition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
Cleaning the Ion Sweep Cone and Ion Transfer Tube. . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
Emptying the Solvent Waste Bottle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68