Thermo Scientific Orbitrap Fusion Series Hardware Manual vii
Preface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .xiii
Accessing Documentation. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .xiii
Special Notices, Symbols, and Cautions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .xiv
Contacting Us . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xvii
Chapter 1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1
Orbitrap Fusion Series Mass Spectrometers. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
Overview of an LC/MS Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
LC/MS Functional Block Diagram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
Electronic Assemblies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
Controls and Indicators. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
LEDs. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
Power Entry Module . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Communications Panel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
Cooling Fans . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
Chapter 2 Scan Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .11
Scan Types . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
MS Scan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
MS
2
Scan and MS
n
Scan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
SIM Scan. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
Scan Rates for the Ion Trap Detector . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
Scan Mass-To-Charge Ratio Ranges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
Resolutions for the Orbitrap Detector . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
Data Types . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
Ion Polarity Modes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
Chapter 3 Vacuum System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .15
Vacuum System Functional Block Diagram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
Schematic of the Internal Gas Supply Lines. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
Inlet Gases Hardware . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
Helium Regulator . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
Nitrogen Gas Valves . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
Vent Valve. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
Vacuum Manifold . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
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