Applied Biosystems 7500 User Manual

viii Applied Biosystems 7300/7500/7500 Fast Real-Time PCR System Installation and Maintenance Guide
Chapter 3 Installing the Software and Powering On the Instrument 23
Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
Installing the SDS Software for the 7300/7500/7500 Fast System . . . . . . . . . . . . . . 25
Powering On the Instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
Performing the Instrument Function Test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
Troubleshooting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
Chapter 4 Performing the
Regions of Interest (ROI) Calibration 35
Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
Preparing the ROI Calibration Plate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
Creating a Plate Document for the ROI Calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
Performing the ROI Calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
Troubleshooting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
Chapter 5 Performing the
Background Calibration and Optical Calibration 49
Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
Preparing the Background Calibration Plate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
Creating a Plate Document for the Background Calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
Performing the Background Calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
Analyzing the Background Calibration Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
Performing the Optical Calibration for the 7500/7500 Fast System . . . . . . . . . . . . . 59
Troubleshooting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
Chapter 6 Performing the Pure Dye Calibration 67
Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
Preparing for the Calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
Creating a Plate Document for the Pure Dye Calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
Preparing Plates and Performing the Pure Dye Calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
Analyzing the Pure Dye Calibration Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
Evaluating Pure Dye Calibration Spectra . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
Chapter 7 Verifying the Instrument Performance 87
Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88
Preparing the TaqMan
®
RNase P Verification Plate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90
Creating a Plate Document for the RNase P Verification Run . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
Performing the Verification Run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
Analyzing the TaqMan
®
RNase P Plate Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
Troubleshooting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99

Applied Biosystems 7500 Specifications

General

Detection Method	Fluorescence
Sample Capacity	96-well plate
Thermal Cycler	Yes
Temperature Uniformity	±0.5°C
Type	Real-Time PCR System
Thermal Accuracy	±0.25°C
Detection Channels	5
Weight	45 kg
Power Requirements	100-240 V, 50/60 Hz
Dynamic Range	9 logs
Reaction Volume Range	10-100 µL
Temperature Range	4°C to 100°C
Thermal Cycler Block	96-well
Software	SDS Software
Detection	Multiplex (up to 5 colors)