Contents vii
Chapter 3: Running Samples 51
Sample Optimization Using Instrument Setup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
Verifying Instrument Configuration and User Preferences . . . . . . . . . . . 54
Creating an Experiment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
Adjusting the Voltages and Threshold . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
Calculating Compensation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
Recording and Analyzing Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
Preparing the Workspace . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
Recording Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
Analyzing Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
Reusing the Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
Saving the Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
Chapter 4: DNA Analysis 75
Criteria for DNA Experiments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
DNA Setup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
How to Use DAPI with DNA QC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
How to Use PI with DNA QC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
CEN Optimization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
Preparing the Workspace . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
Running CEN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
CTN Resolution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
Running CTN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
Optimization for Data Recording . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
LSR2.book Page vii Tuesday, April 25, 2006 3:34 PM
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