Table of Contents
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Chapter 5. Plates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
Plate Editor Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
Select Fluorophores Window. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
Experiment Settings Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
Well Groups Manager Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
Plate Spreadsheet View Window. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
Chapter 6. Stand-Alone Operation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
Control Panel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
Main Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
Experiment Setup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
Exporting Data for Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
Creating a Data File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
Setting Up Email . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
Chapter 7. Data Analysis Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
Data Analysis Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
Data Analysis Menu Bar. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
Quantitation Tab . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
Data Analysis Settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
Well Selectors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
Charts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
Spreadsheets. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79
Chapter 8. Data Analysis Windows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
Quantitation Tab . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
Quantitation Data Tab . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
Melt Curve Tab . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
Melt Curve Data Tab . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
End Point Tab . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
Allelic Discrimination Tab. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
QC Tab. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95
Reports for Data Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97
Chapter 9. Gene Expression Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
Gene Expression . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
Plate Setup for Gene Expression Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102
Gene Expression Tab . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102
Experiment Settings Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
Gene Study . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109
Gene Study Data Spreadsheet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112
Gene Study Report Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
Frequently Asked Questions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114
Gene Expression Calculations. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115
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