Contents
Thermo Scientific TSQ Altis, Quantis, and Fortis Hardware Manual ix
Guidelines for LC/APCI/MS Parameters. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
Guidelines for LC/NSI/MS Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
Chapter 14 Connecting the Sample Flow to the Source. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .51
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Connecting the Sample Flow to the H-ESI Source . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
Connecting the Sample Flow to the APCI Source . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
Chapter 15 Calibrating the MS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .55
Preparing the Syringe Pump for Calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
Preparing the MS for Calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
Determining the Initial API Source Settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
Evaluating the Spray Stability . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
Calibration Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
Calibrating and Tuning the MS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
Check Mass Calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
Mass Calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
EM Gain Calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
Tune and Mass Calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
Calibration Solution Peak Values . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
Chapter 16 Optimizing the Compound Signal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .67
Performing Compound Optimization Animation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
Setting Up for Compound Optimization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
Optimizing Parameters in the Optimization Pane . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
Chapter 17 Scan Types . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .71
Quadrupole Capacities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
Summary of Scan Types . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
Full Scan Q1 and Q3 Scan Types . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
Selected Ion Monitoring Scan Type . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
Product Scan Type . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
Precursor Scan Type . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
Neutral Loss Scan Type. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
Selected Reaction Monitoring Scan Type . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
Chapter 18 Data Types . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .79
Profile and Centroid Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79
Ion Polarity Modes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
Chapter 19 Acquiring Sample Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .81
Creating an SRM Method Animation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
Using Tune to Acquire Sample Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
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