Contents v
Sorting Controls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
Sort Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
Sort Setup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
Sort Layout . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96
Sort Report . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
Templates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105
Chapter 4: Running Samples 107
Cytometer Startup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
Setting Up the Breakoff . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110
Setting Up the Fluidics Cart . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
Checking Performance with Cytometer Setup and Tracking . . . . . . . . . . . . 118
Overview of Cytometer Setup and Tracking . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118
Cytometer Quality Control Using BD FACSDiva Software . . . . . . . . . . . . . 119
Setting Up Cytometer Configuration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120
Preparing QC Particles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122
Adjusting Area Scaling and Laser Delay . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122
Reusing the QC Experiment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133
Tracking QC Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134
Data Collection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135
Setting Up the Workspace . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136
Calculating Compensation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139
Data Recording and Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142
Setting Up the Experiment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143
Setting Up the Global Worksheet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144
Recording Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146
Analyzing Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147
Performing Batch Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 150
Sample QC Log . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151