Applied Biosystems 7900HT - Page 7

DRAFT
September 1, 2004 11:40 am, 4351684ATOC.fm
Applied Biosystems 7900HT Fast Real-Time PCR System and SDS Enterprise Database User Guide vii
Chapter 7 Maintaining the Instrument
Notes for Database Users . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-2
Recommended Maintenance Schedule . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-4
Section 7.1 Maintaining the 7900HT Instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-5
Replacing the Sample Block . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-6
Changing the Plate Adapter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-12
Decontaminating the Sample Block . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-14
Performing a Background Run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-16
Preparing the Background Plate or TaqMan Low Density Array . . . . . . . . . . . . . 7-17
Creating a Plate Document for the Background Run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-17
Running the Prepared Background Plate or TaqMan Low Density Array . . . . . . 7-18
Analyzing the Background Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-19
Performing a Pure Dye Run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-20
Preparing the Pure Dye Plates or Cards . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-22
Preparing a Plate Document for a Pure Dye Plate or Card . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-22
Running the Prepared Pure Dye Plate or Card . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-24
Analyzing the Pure Dye Run . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-25
Adding Custom Dyes to the Pure Dye Set . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-27
Verifying Instrument Performance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-30
Section 7.2 Maintaining the Plate Handler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-35
Automation Accessory Components and Stack Positions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-36
Adjusting the Sensitivity of the Plate Sensor Switch . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-37
Aligning the Plate Handler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-41
Aligning the Fixed-Position Bar Code Reader . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-49
Cleaning and Replacing Gripper Finger Pads . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-52
Section 7.3 Maintaining the Computer and Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-53
General Computer Maintenance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-54
Maintaining the SDS software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-55
Chapter 8 Troubleshooting
Troubleshooting Table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-2
Low Precision or Irreproducibility . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-5
Background Runs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-9
Pure Dye Runs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-11
Real-Time Runs (Quantitative PCR and Dissociation Curves) . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-12
End-Point Runs (Allelic Discrimination) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-13
Software and 7900HT Instrument . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-14
Zymark Twister Microplate Handler and Fixed-Position Bar Code Reader . . . . . . . . 8-17
TaqMan Low Density Array . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-18
SDS Enterprise Database . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-20