TOC - 5
IPN 074-397-P1G
HAPSITE Smart Operating Manual
Chapter 6
Methods
6.1 Introduction to Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-1
6.1.1 Sensitivity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-1
6.2 Survey Method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-1
6.2.1 Building a Survey Method Library File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-3
6.2.1.1 Creating Survey Methods for Target Compounds . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-3
6.2.1.2 Building a Survey Target Compound Library . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-3
6.3 GC/MS Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-6
6.3.1 Building a GC/MS Method and Target Compound Library File . . . . . . . . . . 6-8
Chapter 7
Tune
7.1
Introduction to Autotune and Manual Tune . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-1
7.2 Autotune . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-2
7.2.1 Starting Autotune from the Manual Tune Screen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-4
7.3 Viewing a Tune Report . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-5
7.4 Autotune Failure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-7
7.5 Manual Tune Settings and Controls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-9
7.5.1 Tool Bar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-11
7.5.2 Tune Drop Down Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-12
7.5.2.1 Tune Properties Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-13
7.5.3 Tune Control Panel. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-14
7.5.3.1 Tune Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-15
7.5.4 Peak Scan Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-17
7.5.4.1 Peak Scan Window Controls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-17
7.5.5 Full Scan Window. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-19
7.5.6 Tune and Mass Calibration Status . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-20
7.5.7 Mass Calibration Status . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-22
7.5.8 Right Mouse Button (RMB) Menus. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-23
7.5.8.1 RMB in Scan Window. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-23
7.5.8.2 RMB in Tune Status Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-24
7.5.8.3 RMB on Y Axis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-25
7.6 Performing Manual Tune . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-25
7.6.1 Adjusting Base Peak Gain . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-26
7.6.2 Adjusting Resolution. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-29
7.6.3 Adjusting the Ion Energy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-31
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